Nathan est le fils légitime de Dan Scott et Deb Scott. Il est né 3 mois après son frère Lucas mais le déteste. Il a un don pour le basket mais gâche tout à cause de la pression que lui met son père.

Nathan est d'une nature plutôt têtue et détient beaucoup d'assurance. La situation professionnelle de ses parents lui a aussi garantie une certaine aisance lui ayant facilité un peu la vie et la rendu à certain moment égoïste. Cependant, Nathan sait affronter les problèmes notamment ceux qu'ils rencontrent avec son père et l'amour qu'il vit avec Haley lui donne un courage incroyable. Leur amour l'a nettement assagit et adoucit. Nathan est quelque fois arrogant lorsqu'il se sent menacé. Sa relation avec Lucas lui aura apprit a être davantage compréhensif avec ses amis.
Il ne veut pas ressembler à son père et on verra que peu à peu Nathan arrivera à se détacher de la pression de celui-ci.

Lors de la saison 1, au début, Nathan parait arrogant et sûr de lui, il est le champion de l'équipe de Basket ball de son lycée et il est très populaire. Il a une relation avec Peyton, mais ça ne va pas durer parce que ce n'est que sexuel entre eux et Peyton semble attirée par son demi-frère, Lucas Scott. Nathan ne supporte pas l'idée que son demi-frère fasse partie de l'équipe de basket du lycée. Il lui en fera voire de toutes les couleurs jusqu'à l'intervention d'Haley. Nathan est le meilleur ami de Tim. Il aura de gros problème dans sa famille, il se droguera pour être encore le meilleur en basket et pour que son père soit fier de lui. Haley deviendra sa tutrice et il changera pour devenir quelqu'un de bien. Tellement bien qu'il se réconcilie avec Lucas. Haley et Nathan vivront une magnifique histoire d'amour et se fianceront à la fin de la saison. 

Lors de la saison 2, il vit très heureux avec Haley. Il ferait tout pour elle et il ne veut pas être séparé d’elle. Il refusera même un stage de deux mois pendant les vacances de Basket pour ne pas être loin d’elle. Pour ne pas l’inquiéter, il lui cache également qu’il a des chances d’avoir la maladie de son père. Il fait donc des tests qui sont négatif. Mais du côté d’Haley, elle est séduite par Chris Keller, un chanteur qui lui propose de partir faire une tournée avec lui. Elle refuse au début puis finit par accepter. Nathan tombera dans une grosse déprime, et se mettra à boire. Lucas fait de son mieux pour le sortir de là mais c’est très dur. Ils partent entre frère voir un cousin qui fait des courses en circuit et Nathan aura un grave accident. Il fait un rêve, ce qui le fera réfléchir et il demande à Haley de ne pas revenir et continuer son rêve. Il se rend compte qu’il a oublié sa famille en ne voyant qu’Haley. Il essait tant bien que mal de s’en sortir seul mais il décide de revenir chez ses parents pour rattraper ses erreurs et redevenir une vraie famille avec Dan et Deb. Il demande à son frère de ne plus enquêter sur lui et Lucas continue et par la suite, il va voir Haley à la tournée et ment à Nathan. A la fin de la saison, il décide de partir au stage de Basket et avant de partir, il dit à Lucas qu’il ne sont plus frères ni même amis car il n’a plus confiance en lui, qu’il l’a trahi. Haley revient dans le dernier épisode et il la retrouve devant chez lui (chez Dan et Deb)… 

Lors de la saison 3, quand Nathan rentre du stage, il ne prévient personne. Lucas va le voir mais Nathan ne veut toujours rien savoir : ils ne sont plus frères! Il a beaucoup de mal à pardonner à Haley mais quand Lucas l'engueule, il accepte d'avoir une discussion avec sa femme. Les premiers jours au lycée sont durs pour Haley mais Nathan après un certains temps de réflexion reviendra vers elle. Petit à petit, il lui pardonne et lui redonne une chance. Il fait de même avec son frère. Nathan accepte mal de voir Haley abandonner ses rêves pour lui, il rappelle donc Chris et le paye pour qu'il revienne voir Haley. Le jour où Jimmy Edwards introduit une arme dans le lycée, Nathan ne pense qu'à une chose : retrouver Haley! Résultat : ils se retrouvent tous les deux ainsi que Skills, Rachel, Micro et deux autres élèves enfermés dans une salle de cours avec Jimmy.
Suite à la mort de Keith, Nathan se rend compte que la vie est trop courte et que Haley est la femme de sa vie c'est pour cela que lorsqu'il parte tous à la maison secondaire de Rachel il demandera Haley en mariage.
La saison 3 se terminera par son remariage avec Haley lors d'une magnifique cérémonie devant tout leurs amis et leurs familles mais lors de leur départ pour  leur nuit de noce, ils apercoivent un accident c'est la voiture de Rachel et son oncle Cooper, Nathan saute pour les sauver mais on ne le voit pas remonter.